Pada awalnya penyelenggaraan pendidikan Program Doktor Administrasi Publik merupakan konsentrasi dari Program Studi Doktor Ilmu-Ilmu Sosial. Program studi ini diselenggarakan secara terpusat di Program Pascasarjana Universitas Hasanuddin, dan yang menjadi Ketua Program Doktor Ilmu-Ilmu Sosial adalah Dekan Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik secara ex-officio.

Program Studi Doktor Administrasi Publik adalah sebuah program studi yang sangat dibutuhkan diawal-awal tahun 2000. Oleh karena itu Departemen Ilmu Administrasi (dahulu Jurusan Ilmu Administrasi) memandang perlu untuk membuka program Studi lanjutan yang khusus mengkaji tentang masalah-masalah Administrasi Publik. Program Doktor Administrasi Publik secara resmi menerima mahasiswa baru sejak tahun 2007, namun Surat Izin Penyelenggaraannya baru keluar 2 (dua) tahun kemudian yaitu tahun 2009, berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Perguruan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 889/D/T/2009 tanggal 11 Juni 2009 tentang Izin Penyelenggaraan Program Doktor Administrasi Publik. Pada mulanya, seluruh Program Studi Pascasarjana baik monodisiplin maupun multidisiplin diselenggarakan di Sekolah Pascasarjana Universitas Hasanuddin (dahulu namanya Program Pascasarjana Universitas Hasanuddin).

Wacana untuk menyerahkan pengelolaan kegiatan akademik Program Studi Monodisiplin ke masing-masing Fakultas induknya telah muncul sejak tahun 2007 yaitu pada saat kepemimpinan Prof. Dr. dr. Idrus Paturusi sebagai Rektor, namun baru resmi diserahkan ke Fakultas masing-masing pada tahun 2009. Pada masa peralihan pengelolaan dari Pascasarjana ke Fakultas, maka seluruh program studi pascasarjana, secara ex-officio dipimpin atau di Ketuai oleh Dekan Fakultas masing-masing sambil mempersiapkan pemilihan Ketua Program Studi. Untuk Program Studi Doktor Administrasi Publik, Ketua Program studi dijabat oleh Bpk. Deddy T, Tikson, Ph.D. secara ex-officio yang saat itu menjabat sebagai Dekan Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Universitas Hasanuddin. Karena kesibukan Dekan Fisip Unhas yang merangkap jabatan sebagai Ketua Program Doktor Administrasi Publik, maka Dekan mengangkat ibu Dr. Hasniati, S.Sos., M.Si. selaku Sekretaris Program Doktor Administrasi Publik sejak tahun 2009, sambil mempersiapkan pemilihan Ketua Program Doktor Ilmu Administrasi Publik.

Sekitar pertengahan tahun 2010, Dekan Fisip Unhas yang menjabat Ketua Ketuga Program Studi Administrasi Publik secara ex-officio meminta Ketua Jurusan Ilmu Administrasi, yang saat itu dijabat oleh Prof. Dr. Sangkala untuk mengadakan pemilihan Ketua Program Doktor Administrasi Publik. Ada 2 (dua) orang calon ketua pada waktu itu, yakni Prof. Dr. Sulaiman Asang, M.S. dan Prof. Dr. Rakhmat, M.S. Seluruh dosen Jurusan Ilmu Administrasi diundang untuk memilih, dan yang mendapatkan suara terbanyak adalah Prof. Dr. Sulaiman Asang, MS, dengan pertimbangan bahwa beliau memiliki jasa dalam menyusun proposal pembukaan program studi ini. Prof. Dr. Sulaiman Asang, MS. secara resmi menjadi Ketua Program Studi Doktor Administrasi Publik sejak tahun 2010. Namun karena kondisi kesehatan beliau yang sering terganggu, maka pada tahun 2012 Prof. Dr. Suratman, M.S. diangkat sebagai Ketua untuk menyelesaikan sisa jabatan Prof. Dr. Sulaiman Asang, MS. hingga tahun 2014. Periode tahun 2014-2018, Ketua Program Doktor Administrasi Publik dijabat oleh Prof. Dr. Haselman, M.Si. dan dilanjutkan oleh Prof. Dr. Rakhmat, M.S. berdasarkan SK Rektor Universitas Hasanuddin Nomor: 31455/UN4.1/KP.15/2017 sebagai Ketua Program Studi Administrasi Publik untuk periode 2018 hingga 2022. Namun karena Prof. Dr. Rakhmat, M.S. meninggal dunia pada awal tahun 2021, maka Ketua Departemen Ilmu Administrasi mengundang semua dosen Ilmu Administrasi untuk memilih pengganti almarhum. Hasil rapat menyepakati 2 (dua) orang calon Ketua Program Studi untuk dikirimkan ke Senat Fakultas untuk mendapatkan persetujuan, dan selanjutnya dikirim ke Universitas Hasanuddin untuk ditetapkan sebagai Ketua Program Studi. Adapun 2 (dua) orang yang diutus namanya adalah Prof. Dr. Alwi, M.A. dan Prof. Dr. Muh. Akmal Ibrahim, M.Si. Unhas menetapkan Prof. Dr. Muh. Akmal Ibrahim, M.Si. sebagai Ketua Program Studi Doktor Administrasi Publik untuk yang baru periode 2021 hingga 2025.

Secara kelembagaan, Program Doktor Administrasi Publik berada dibawah Departemen Ilmu Administrasi. Saat ini Departemen Ilmu Administrasi telah membina Program studi jenjang sarjana, magister, dan doktor. Departemen Ilmu Administrasi merupakan program studi tertua di lingkungan Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Universitas Hasanuddin. Cikal bakal lahirnya Fisip Unhas berasal dari Fakultas Tata Praja Universitas 17 Agustus 1945 yang didirikan oleh Mr. Tjia Kok Tjiang. Berdasarkan PP. No. 5/1980 dan Keppres No. 68/1982, Jurusan Administrasi Negara berubah menjadi Jurusan Ilmu Administrasi dengan Program Studi Administrasi Negara (Jenjang Sarjana). Kemudian berdasarkan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 53 Tahun 2015 tentang Statuta Universitas Hasanuddin, nama Jurusan berubah menjadi Departemen, sehingga Jurusan Ilmu Administrasi juga mengalami perubahan menjadi Departemen Ilmu Administrasi.

Program Doktor Administrasi Publik merupakan salah satu program doktor Universitas Hasanuddin yang memiliki peminat yang banyak. Hal ini terlihat dari trend jumlah pendaftar dari tahun ke tahun sejak awal dibukanya yang tidak pernah sepi. Rata-rata jumlah pendaftar setiap tahunnya lebih dari 10 orang. Calon mahasiswa berasal dari akademisi (dosen) baik perguruan tinggi negeri maupun swasta khususnya dari wilayah Indonesia Bagian Timur, dari pegawai Pemerintah Daerah Kabupaten/Kota, Pemerintah Provinsi, pegawai swasta, LSM, atau juga dari alumni S2 yang langsung melanjutkan studi ke jenjang Doktoral (S3). Besarnya jumlah peminat terhadap program studi ini tidak lantas menjadikan Universitas Hasanuddin dan juga pengelola melupakan standar rasio ideal antara dosen dan mahasiswa. Terbukti bahwa program studi ini pada tahun 2013 tidak membuka penerimaan mahasiswa baru karena jumlah mahasiswa pada waktu itu sudah melebihi rasio ideal antara dosen dan mahasiswa. Moratorium ini dimaksudkan agar kegiatan proses belajar mengajar dan terutama pembimbingan disertasi dapat berlangsung secara efektif sehingga dapat menghasilkan lulusan yang berkualitas.

Pengelolaan Program studi ini sudah sangat memuaskan. Hal ini diindikasikan dari nilai akreditasi yang didapatkan dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) yang peringkat akreditasi “A” yang berlaku mulai tanggal 1 Agustus 2018 sampai dengan 1 Agustus 2023 melalui Surat Keputusan BAN PT Nomor: 2086/SK/BAN-PT/Akred/D/VIII/2018. Pada tahun 2021, Program Doktor Administrasi Publik mengajukan konversi akreditasi A ke Unggul kepada Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) dengan mengirimkan dokumen Instrumen Suplemen Konversi (ISK). Peringkat Unggul telah diperoleh melalui SK No: 13968/SK/BAN-PT/AK-ISK/D/XII/2021. Peringkat akreditasi itu menunjukkan bahwa program studi ini dari segi kelembagaan, pengelolaan, dan sumber daya sudah sangat memadai untuk menghasilkan luaran yang memiliki kemampuan bersaing dengan program studi yang sama yang ada di Indonesia.